A недавнее исследование выявляет домен новый коронавирус, вызвавший эпидемию пневмонии в китайской провинции Хубэй- вирус летучей мыши связан с другими известными патогенными коронавирусами

Ассоциация 2019 новый коронавирус (CoV) вызывает смертельную пневмонию, унесшую более 1300 жизней, при этом более 52000 подтвержденных случаев заражения 13 февраля 2020 года, всего чуть больше месяца. Но что это за вирус? Это вообще новый вирус? Откуда это? Ученые из ведущих исследовательских институтов Китая объединились, чтобы ответить на эти вопросы, и это новаторское исследование было опубликовано в Китайский медицинский журнал.

https://www.youtube.com/watch?v=jFKWluuMdgs

В начале декабря несколько человек в городе Ухань в китайской провинции Хубэй заболели после посещения местного рынка морепродуктов. У них наблюдались такие симптомы, как кашель, жар и одышка, и даже осложнения, связанные с острым респираторным дистресс-синдромом (ОРДС). Непосредственный диагноз - пневмония, но точная причина неизвестна. Что вызвало эту новую вспышку? Это тяжелый острый респираторный синдром (SARS) -CoV? Это ближневосточный респираторный синдром (БВРС) -CoV? Как оказалось, ученые провели исследование по идентификации этого вируса в декабре после анализа первых нескольких случаев. Это исследование опубликовано в Китайский медицинский журнал и идентичность вируса была установлена - это совершенно новый вирус, тесно связанный с вирусом SARS-подобного CoV летучих мышей. Доктор Цзяньвэй Ван (Китайская академия медицинских наук, Институт биологии патогенов), ведущий исследователь исследования, заявляет: «Наша газета установила личность CoV-происхождения летучей мыши, которая до сих пор была неизвестна.

В этом исследовании ученые из известных исследовательских институтов Китая, таких как Китайская академия медицинских наук, Институт биологии патогенов, Больница китайско-японской дружбы и Пекинский союзный медицинский колледж, совместно обнаружили и определили новый CoV - главного виновника вспышка в Ухане - с помощью секвенирования следующего поколения (NGS). Они сосредоточили свое внимание на пяти пациентах, поступивших в больницу Цзинь Инь-Тань в Ухане, большинство из которых были работниками на рынке морепродуктов Хуанань в Ухане. У этих пациентов была высокая температура, кашель и другие симптомы, и изначально им был поставлен диагноз пневмония, но по неизвестной причине. Состояние некоторых пациентов резко ухудшилось до ОРДС; один даже умер. Доктор Ван говорит: «Рентген грудной клетки пациентов показал туманные помутнения и уплотнения, характерные для пневмонии. Однако мы хотели выяснить, что вызвало пневмонию, и наши последующие эксперименты выявили точную причину.- новый CoV, о котором раньше не было известно.

Для исследования ученые использовали образцы жидкости бронхоальвеолярного лаважа (БАЛ), взятые у пациентов (БАЛ - это процедура, при которой стерильная жидкость переносится в легкие через бронхоскоп, а затем собирается для анализа).

Сначала ученые попытались идентифицировать вирус путем секвенирования генома с использованием технологии NGS. NGS является предпочтительным методом скрининга для выявления неизвестных патогенов, поскольку он быстро обнаруживает и исключает все известные патогенные микроорганизмы в образце. Основываясь на секвенировании ДНК / РНК из образцов жидкости БАЛ, ученые обнаружили, что большинство считываний вирусов принадлежало семейству CoV. Затем ученые собрали различные «риды», принадлежащие CoV, и сконструировали целую геномную последовательность для нового вируса; эти последовательности были на 99.8-99.9% схожи среди всех образцов пациентов, подтверждая, что этот вирус был общим патогеном для всех пациентов. Кроме того, с помощью анализа гомологии, когда последовательность генома сравнивается с другими известными последовательностями генома (с предварительно установленным порогом 90% для того, чтобы она считалась «новой» последовательностью), они подтвердили, что последовательность генома этого нового вируса составляет 79.0%. аналогичен SARS-CoV, примерно на 51.8% похож на MERS-CoV и примерно на 87.6–87.7% аналогичен другим SARS-подобным CoV от китайских подковообразных летучих мышей (называемых ZC45 и ZXC21). Филогенетический анализ показал, что последовательности пяти полученных штаммов CoV были наиболее близки к последовательностям штаммов, полученных из летучих мышей, но образуют отдельные эволюционные ветви. Эти данные ясно указывают на то, что вирус произошел от летучих мышей. Доктор Ван заявляет: «Поскольку сходство гена вирусной репликазы со всеми другими известными «похожими» вирусами все еще составляет менее 90%, а также с учетом результатов филогенетического анализа, мы считаем, что это действительно новый, ранее неизвестный CoV. Этот новый вирус временно называется вирусом 2019 г.-ncov.

Наконец, ученые перешли к «изоляции» вируса из образцов жидкости БАЛ, проверив, проявляют ли образцы жидкости цитопатический эффект на клеточные линии в лаборатории. Клетки, подвергшиеся воздействию образцов жидкости, наблюдали под электронным микроскопом, и ученые обнаружили характерные CoV-подобные структуры. Они также использовали иммунофлуоресценцию - метод, в котором используются специфические антитела, помеченные флуоресцентными красителями. Для этого они использовали сыворотку выздоравливающих пациентов (содержащую антитела), которая реагировала с вирусными частицами внутри клеток; это подтвердило, что этот вирус действительно был причиной инфекции.

Это исследование прокладывает путь для будущих исследований, чтобы лучше понять вирус и его источники, особенно с учетом его быстрого распространения, его способности вызывать фатальный ARDS и паники, вызванной вспышкой. Хотя 4 из 5 пациентов, у которых был обнаружен этот вирус, были с рынка морепродуктов в Ухане, точное происхождение инфекции неизвестно. CoV мог передаваться человеку через «промежуточного» носителя, например, в случае SARS-CoV (мясо пальмовой циветты) или MERS-CoV (верблюда). Доктор Ван заключает: «Все CoV человека являются зоонозными, и несколько CoV человека произошли от летучих мышей, включая SARS- и MERS-CoV. Наше исследование ясно показывает острую необходимость в регулярном мониторинге передачи CoV-вируса летучей мыши человеку. Возникновение этого вируса представляет собой серьезную угрозу для здоровья населения, и поэтому крайне важно понять источник этого вируса и решить, какие шаги следует предпринять, прежде чем мы станем свидетелями крупномасштабной вспышки.".