Центры США по контролю и профилактике заболеваний, CDC, создали консорциум, чтобы запустить национальную сеть лабораторий секвенирования, которая ускорит выпуск данных о последовательностях SARS-CoV-2 в общественное достояние. Быстрый выпуск открытых данных о последовательностях коронавируса поможет Covid-19. ответные меры общественного здравоохранения, стимулирование инноваций и открытий, а также углубление понимания этой и будущих пандемий.
Эта Секвенирование SARS-CoV-2 для реагирования на чрезвычайные ситуации, эпидемиологии и эпиднадзора в сфере общественного здравоохранения (SPHERES) консорциум, который значительно расширит использование целая последовательность генома (WGS) вируса COVID-19. SPHERES будет предоставлять последовательные данные о последовательности действий в режиме реального времени группам реагирования общественного здравоохранения, расследующим случаи и кластеры COVID-19 по всей стране.
Этот новый консорциум поможет им лучше понять, как распространяется вирус как на национальном, так и на местном уровне. Более точные данные, в свою очередь, помогут должностным лицам общественного здравоохранения прервать цепочки передачи, предотвратить новые случаи заболеваний, а также защитить и спасти жизни.
«США - мировой лидер в области современного быстрого секвенирования генома. Эти скоординированные усилия наших государственных, частных, клинических и академических лабораторий общественного здравоохранения будут играть жизненно важную роль в понимании передачи, эволюции и лечения SARS-CoV-2. Я уверен, что наши лучшие и самые опытные умы работают вместе, чтобы помочь нам спасти жизни сегодня и завтра », - сказал директор CDC Роберт Редфилд, доктор медицины.
Отслеживание вируса COVID-19 по мере его развития
Данные геномной последовательности могут дать беспрецедентное представление о биологии SARS-CoV-2, вируса, вызывающего COVID-19, и помочь определить меняющийся ландшафт пандемии. Посредством секвенирования вирусов со всей территории Соединенных Штатов CDC и другие органы общественного здравоохранения могут отслеживать важные изменения в вирусе и использовать эту информацию для отслеживания контактов, мер по смягчению последствий для общественного здравоохранения и стратегий инфекционного контроля.
Консорциум SPHERES - это амбициозная попытка координировать секвенирование генома SARS-CoV-2 на национальном уровне, объединяя десятки небольших индивидуальных усилий в единую распределенную сеть лабораторий, учреждений и корпораций. Консорциум объединяет опыт, технологии и ресурсы 40 государственных и местных департаментов здравоохранения, нескольких крупных клинических лабораторий и более двух десятков сотрудничающих учреждений в федеральном правительстве, научных кругах и частном секторе.
SPHERES установит передовой опыт и стандарты согласованных данных, ускорит обмен открытыми данными и создаст пул ресурсов и опыта, чтобы помочь внедрить передовые технологии в национальные меры по борьбе с COVID-19.
Данные SPHERES открыты, опубликованы
Члены консорциума разделяют стремление к быстрому обмену открытыми последовательностями. Они планируют отправить все полезные данные о последовательностях в общедоступные репозитории в Национальном центре биотехнологической информации Национальной медицинской библиотеки (NLM / NCBI), Глобальной инициативе по обмену данными о птичьем гриппе (GISAID) и других общедоступных репозиториях последовательностей. Это поможет обеспечить быстрый доступ к данным о вирусных последовательностях по всей территории США для принятия решений в области общественного здравоохранения и свободный доступ для исследователей во всем мире.
В состав консорциума входят:
Федеральные агентства и лаборатории
Центры по контролю и профилактике заболеваний, Офис расширенных молекулярных обнаружений
Национальная лаборатория Аргон
Агентство оборонного здравоохранения, Глобальный инфекционный Болезнь наблюдение
Управление по продовольствию и медикаментам
Национальной лаборатории Лоренса Беркли
Лос-Аламосской национальной лаборатории
Национальный институт аллергии и инфекционных заболеваний, Управление геномики и передовых технологий
Национальный Институт Стандартов и Технологий
Национальный центр биотехнологической информации при Национальной медицинской библиотеке
Институт исследований Уолтера Рида
Государственные / местные лаборатории общественного здравоохранения
Аризона
Калифорния
Делавэр
округ Колумбия
Флорида
Гавайи
Мэн
Мэриленд
Массачусетс
Мичиган
Миннесота
Северная Каролина
Северная Дакота
Невада
Нью-Мексико
New York
Юта
Виргиния
Вашингтон
Висконсин
Вайоминг
Академические институты
Университет Бэйлор
Корнельского университета
Фред Хатчинсон Центр исследования рака
Медицинская школа Горы Синай
Нью-Йоркский университет
Университет Северной Аризоны
Университет Буффало
Калифорнийского университета, Беркли
Университет Калифорнии, Дэвис
Калифорнийский университет, Ирвайн
Университет Калифорнии, Лос-Анджелес
Университет Калифорнии, Сан-Франциско
Университет Калифорнии, Санта-Круз
Чикагский университет
Университет штата Мэриленд
Университет Миннесоты
Университет Небраски
Университет Нью-Мексико
Университет Вашингтона
Йельский университет
Корпорации
Эбботт Диагностика
биомерье
Цветная геномика
Гинкго БиоВоркс
IDпоДНК
In-Q-Tel
ЛабКорп
Единый Кодекс
Оксфорд Нанопор Технологии
Тихоокеанская бионаука
Qiagen
Диагностика Quest
Истинно Науки о жизни
Названия корпораций предоставлены только в информационных целях, и их включение здесь не означает одобрение корпораций или каких-либо их коммерческих продуктов или услуг Центрами США по контролю и профилактике заболеваний.
Некоммерческие институты общественного здравоохранения или исследовательские институты
Ассоциация лабораторий общественного здравоохранения
Фонд Билла и Мелинды Гейтс
Широкий институт
Чан Цукерберг BioHub
Институт Крейга Вентера
Альянс общественного здравоохранения по геномной эпидемиологии
Скриппс Исследования
Лаборатория Джексона
Научно-исследовательский институт трансляционной геномики - Север
Фонд Уолдера
В течение последних шести лет программа CDC по передовой молекулярной диагностике инвестировала в лаборатории общественного здравоохранения на федеральном уровне и уровне штата, чтобы расширить использование геномики патогенов и других передовых лабораторных технологий для наблюдения за инфекционными заболеваниями и реагирования на вспышки. Текущие инвестиции консорциума направлены на спасение жизней во время пандемии SARS-CoV-2 и подготовку Соединенных Штатов и всего мира к будущим ответным мерам на пандемию.
Чтобы узнать больше о геномном секвенировании или работе CDC в области расширенного молекулярного обнаружения, посетите https://www.cdc.gov/amd/
